Alain et Martine continuent leur voyage dans la région de Hoenn. Ils se rendent à la Devon Sarl. où ils discutent avec Pierre Rochard. Ils communiquent toujours avec Lysandre par ordinateur. Cette fois ci, ils s'intéressent à Groudon et plus précisément à sa primo-résurgence. En effet, Primo-Groudon et Primo-Kyogre se sont réveillés. Alan et Pierre décident d'aller à leur rencontre mais Martine a peur d'y aller. Alain lui explique qu'il ne peut revenir sur la promesse qu'il a fait à Lysandre. Cela se finit par leur séparation. Finalement, Martine décide de les suivre discrètement. Le groupe finit par atteindre Primo-Groudon et le suit par hélicoptère. Un portail d'énergie apparaît alors, ce qui a pour effet d'attirer Primo-Kyogre. Les deux monstres se mettent alors à se battre, ce qui perturbe les hélicoptères qui les observent. Sur un ordre de Lysandre, Alan envoie Dracaufeu s'interposer entre les deux. Il veut protéger le vortex d'énergie qui est apparu et dont veulent s'emparer Groudon et Kyogre. Pierre décide de l'aider avec Métalosse. Cependant, leur puissance est largement inférieure à celle des Pokémon légendaires. Alan décide alors de rejoindre Dracaufeu qui est en très mauvaise posture. Kyogre et Groudon continuent de se battre. Martine sort alors de sa cachette pour aller aider son ami. Pierre demande alors à Métalosse de protéger Martine et Alain qui s'est évanoui. Une source d'énergie surgit alors d'une pierre qui ressemble à celle qui a été vue dans l'épisode précédent. Méga-Rayquaza surgit du ciel. Un combat commence alors entre les trois titans, Méga-Rayquaza étant surtout la cible des deux autres. Finalement, le dragon céleste réussit à vaincre les deux titans qui reprennent leur forme normale. Un sous-marin surgit et s'empare de la gemme géante. Il s'agit de celui de Lysandre. Rayquaza s'en va ensuite. Finalement, Alain et Martine se pardonnent l'un l'autre. À Kalos, un reportage est diffusé sur ce qui s'est passé à Hoenn. Le Professeur Platane reconnaît alors Alain. Pierre annonce à Martine qu'Alain est parti. Elle décide de le rejoindre. Celui-ci retrouve Lysandre et décide de continuer à combattre les Pokémon méga-évolués.

Tandis que nos héros se rapprochent de Mérouville, ils trouvent sur leur chemin une merveilleuse réserve naturelle de Pokémon, surveillée par une jeune fille nommée Katrina. Katrina prend soin de tous les Pokémon qui s’y trouvent et les aide à retrouver la santé quand ils sont malades. Max porte un intérêt particulier à un Medhyèna de la réserve, et est bien décidé à le voir évoluer avant son départ. Tous les compagnons de ce Medhyèna ont déjà évolués en Grahyèna, mais ce dernier Medhyèna ne semble pas encore prêt. Sacha et Pierre essaient d’expliquer que l’Évolution ne peut être accomplie qu’en acquérant de l’expérience au cours des combats, mais Max est très impatient et décide d’emmener Medhyèna s’entraîner dans la forêt. C’est seulement lorsque la Team Rocket fait une nouvelle tentative pour s’emparer de tous les Pokémon que Maxcommence à appréhender les règles complexes de l’Évolution...

 

Après que Baraz soit parti à la recherche du Vase Scellé avec son Gueriaigle, Maray, avec Hoopa dans ses bras, se remémore comment ils ont grandi tous les trois ensemble. Le jeune Baraz voulait que Hoopa se sert de ses anneaux pour aider les enfants, au lieu de leur faire des mauvaises blagues.