Alain et Martine vont à Hoenn et rencontrent le Champion régional, Pierre Rochard, ainsi que diverses Mega-Évolutions. Alain se met à combattre Pierre avec son Méga-Dracaufeu X contre Méga-Métalosse, mais au cours du match, un homme mystérieux apparaît. Un étrange monolithe sommeille à Hoenn, où toutes les pièces sont en places pour révéler le secret de la Mega-Évolution dans cette région.
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