Giratina est le seul Pokémon à vivre dans le Monde Inversé, un univers méconnu qui est parallèle au nôtre. En colère suite à la fissure spatio-temporelle provoquée par Palkia et Dialga, il attire Dialga dans le Monde Inversé pour l'affronter, mais le combat est arrêté par un petit Shaymin, le Pokémon Gratitude ! Après avoir quitté le Monde Inversé, Shaymin (qui communique par télépathie) rencontre Sacha et ses amis, à qui il demande de l'aide pour retrouver l'autre Shaymin dans le jardin de Gracidées. À peine Sacha et ses amis ont-ils accepté de venir en aide à Shaymin qu'ils sont propulsés dans le Monde Inversé, où ils font la rencontre de Newton Graceland, un spécialiste qui mène des recherches sur cet univers mystérieux. Mais ils ignorent que l'ancien assistant de Newtown, Zéro, cherche à s'emparer du pouvoir de Giratina pour contrôler le Monde Inversé, même si cela suppose la destruction du monde réel ! Nos héros et leurs Pokémon parviendront-ils à contrecarrer les plans maléfiques de Zéro et à protéger les deux mondes ? Giratina arrivera-t-il à résoudre son différend avec Dialga ? Et que découvriront Sacha et ses amis à propos de ce Shaymin spécial ?
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