Sacha et ses amis voyagent aux Îles Oranges, mais même ces îles (apparemment paisibles) disséminées au sud de Kanto regorgent de mystères, d'aventures et de Pokémon légendaires ! Gelardan le sait parfaitement : il parcourt donc les différentes îles pour capturer les trois oiseaux légendaires (Sulfura, Artikodin et Électhor). Mais malgré toute leur puissance, ces trois Pokémon ne sont que des pions permettant d'obtenir une créature bien plus précieuse : Lugia, le gardien des abysses !
Évidemment, Sacha l'ignore complètement lorsqu'il arrive sur les lieux. Les habitants de l'archipel lui réservent eux aussi une surprise de taille (mais nettement moins sordide) : ils l'invitent à participer à une cérémonie destinée à rassembler les trois sphères sacrées de différentes îles. Alors qu'une violente tempête se lève sur le monde, cette mission prend un nouveau tournant : la capture des oiseaux légendaires a perturbé l'équilibre de la nature. Avec l'aide de Lugia, Sacha pourra-t-il devenir « l'élu » qui sauvera le monde ?
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