Giovanni, le chef de la Team Rocket, souhaite devenir le maître du monde grâce à sa dernière expérience scientifique, un redoutable clone de Mew : Mewtwo. Mewtwo est aussi puissant qu'intelligent, suffisamment pour refuser d'être à la botte de Giovanni. Après s'être échappé du laboratoire, Mewtwo concocte son propre plan et invite clandestinement plusieurs Dresseurs Pokémon à participer au test ultime. Et comme il s'agit d'un événement réservé aux Dresseurs les plus talentueux, Sacha ne manquera pas à l'appel !
L'enthousiasme de Sacha ne tardera pas à se transformer en inquiétude et en colère lorsque Mewtwo révélera aux Dresseurs son plan de domination : cloner tous les Pokémon des enfants pour rétablir l'équilibre entre les Pokémon et leurs Dresseurs. Malgré les protestations de Sacha, Mewtwo refuse de croire que les Pokémon et les humains peuvent être amis. Mais face à la détermination d'un jeune Dresseur et à l'amour que lui porte son Pokémon, Mewtwo devra peut-être reconsidérer son plan, surtout lorsqu'il se mesurera à la puissance du mystérieux Mew !
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