Cal et Karen annoncent aux enfants, dégoûtés, qu'ils partent sans eux en week-end, et qu'ils devront rester avec Tante Trudi ! Entre-temps, Jerry envoie les espions enquêter sur les disparitions de plusieurs agents du WOOHP signalées aux quatre coins du monde. Ils découvrent rapidement que les agents ont rétréci et qu'ils mesurent maintenant à peine plus d'un centimètre ! Ils finissent par découvrir que Davey Hacker est derrière tout cela. Hacker s'est évadé du WOOHP et essaie d'éliminer les espions afin de se venger car le WOOHP a refusé d'en faire un de ses agents ! Mais cette fois, il rétrécit les espions à une taille minuscule pensant qu'il sera ainsi plus facile de les éliminer' Du moins, c'est ce qu'il croit. Quand Davey transforme nos espions en nano espions, les enfants se réfugient à l'intérieur de Tante Trudi ! Contrôlant Trudi de l'intérieur, les espions triomphent de Davey une bonne fois pour toutes ! Dans l'intrigue secondaire, Tante Trudi essaie de prouver que sa nièce et ses neveux sont des espions !