Une légende raconte qu'une Couronne des Mers est conservée dans un Temple des Mers construit par le Peuple des Mers. Personne ne l'a jamais vue et seules quelques personnes connaissent l'histoire du temple (hormis certains membres du Peuple des Mers qui errent encore dans le monde Pokémon). Tout change lorsqu'un Pokémon Ranger nommé Jackie sauve un Œuf de Manaphy des griffes d'un avide pirate appelé Fantôme ! Fantôme est déterminé à mettre la main sur la Couronne des Mers et il a besoin de Manaphy pour y parvenir. Pour garder une longueur d'avance sur lui, Jackie devra demander l'aide du Peuple des Mers.
Après une rencontre fortuite avec le Peuple des Mers, Sacha, Flora et leurs amis se retrouvent plongés au cœur de l'action et Flora tisse un lien spécial avec le légendaire Manaphy, alors que le spectre de Fantôme semble de rapprocher de plus en plus ! Ensemble, ils doivent retrouver le Temple des Mers avant Fantôme pour découvrir le secret qui relie Manaphy au temple !
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