À la recherche de la Team Flare et de Pouic, la Team Rocket rencontre un Pokémon qui lui ressemble, celui que l'on connait sous le nom de Z2...et la Team Flare est sur ses traces ! Les deux équipes s'affrontent, et Z2 change plusieurs fois de ravisseurs jusqu'au moment où il fusionne avec de nombreuses Cellules pour devenir un Pokémon reptilien puissant et menaçant, dont les attaques bousculent ses ravisseurs ! Z2 prend l'avantage, mais Lysandre a appelé du renfort ! Avec l'aide d'Alain et de son Méga-Dracaufeu, la Team Flare affronte Z2 et l'enferme dans une cage. Pendant ce temps, au campement de nos héros, Clem câline un Pouic triste et inquiet, en essayant de comprendre ce qui ne va pas...